1、生命早期相关疾病的形成机制和预防 

聚焦表观遗传学、肠道微生态学和干细胞分化和研究方法和技术，开展各种机体代谢性因素与生命早期相关疾病的影响和发病机制研究。

2、高危儿童的精准管理 

结合研究院在临床科研和资源方面的优势，充分采用临床流行病、临床研究和生物统计学研究技术，前瞻性地长期跟踪、定期随访高危儿童，研究合理的营养和喂养方式、最佳生长模式、及影响神经和智力发育的因素，开展随机临床试验及行为干预研究。

3、环境污染对胎儿及儿童健康的影响 

以人群流行病学的研究方式方法，聚焦环境污染对胎儿及儿童健康的影响，探索环境污染物对胎儿发育、妊娠结局、婴幼儿、儿童生长发育及疾病发生的影响和发病机理，并努力向环境和卫生政策转化。

4、胚胎发育及胎儿编程 

基于细胞分子生物学和胚胎发育学研究技术，开展重大出生缺陷（如：先天性心脏病、神经管缺陷、智力发育障碍等）的遗传和环境暴露因素、发病机制、早期筛查和诊断方法研究；胎儿、胎盘源性疾病的发病机制及胎儿编程研究。